Klawesynista, organista, kameralista i dyrygent. Jest jednym z najbardziej znanych wykonawców muzyki dawnej w Polsce. Szczególnie ceniony jako wirtuoz-klawesynista oraz dyrygent specjalizujący się w barokowej muzyce oratoryjnej. Po ukończeniu studiów w Akademii Muzycznej w Warszawie w klasie organów u Józefa Serafina i klawesynu u Leszka Kędrackiego doskonalił umiejętności we Francji, Niemczech i Holandii, pracując pod kierunkiem wybitnych europejskich klawesynistów: Aline Zylberajch i Boba van Asperena oraz organisty Daniela Rotha.
Otrzymał pierwsze nagrody konserwatorium w Strasburgu w dziedzinie organów i klawesynu oraz dyplom koncertowy Musikhochschule des Saarlandes w Saarbrücken. Studiował również improwizację organową pod kierunkiem Juliana Embalskiego w Akademii Muzycznej w Katowicach, a ogromny wpływ na ukształtowanie się osobowości Marka Toporowskiego wywarł też znakomity pianista i pedagog Kajetan Mochtak. Jest laureatem I nagrody I Ogólnopolskiego Konkursu Klawesynowego im. Wandy Landowskiej w Krakowie (1985). Jego repertuar klawesynowy obejmuje utwory renesansu, baroku i wczesnego klasycyzmu, co sprawia, że artysta chętnie sięga również po inne instrumenty klawiszowe: wirginał, klawikord, pianoforte. Ogromnie ceniony za umiejętność tworzenia bogatych, improwizowanych partii klawesynowego basso continuo na koncertach i w nagraniach studyjnych innych wirtuozów.
Z kolei na organach interpretuje także muzykę romantyczną.
W 1991 roku Marek Toporowski założył zespół kameralny, który szybko rozrósł się do orkiestry kameralnej Concerto Polacco. Pod jego dyrekcją stała się ona czołowym polskim zespołem specjalizującym się w interpretacji dzieł epoki baroku, a w 1993 roku zdobyła III nagrodę na konkursie zespołów muzyki barokowej w Melk (Austria). Od połowy lat 90. Marek Toporowski prowadzi również chór kameralny Sine Nomine, dzięki czemu jako dyrygent mógł rozszerzyć swój repertuar o barokowe dzieła oratoryjno-kantatowe. Jego pasją jest również muzyka polskiego baroku i klasycyzmu.
Pod jego batutą zabrzmiały po raz pierwszy utwory Benedykta Cichoszewskiego, Jana Tomasza Żebrowskiego i wielu innych kompozytorów. Podobnie jak rekonstrukcja zniszczonego pałacu czy kościoła, tak przywrócenie do życia zapomnianego utworu jest zawsze muzycznym wydarzeniem – powiedział w jednym z wywiadów Marek Toporowski.– Często nie doceniamy polskiej muzyki, a ta tworzona w XVII wieku jest szalenie interesująca. Od 1995 roku z Concerto Polacco z Sine Nomine występuje w Warszawie z cyklicznymi koncertami „Arcydzieła muzyki oratoryjnokantatowej”. Oba zespoły koncertują za granicą, wielokrotnie też reprezentowały Polskie Radio w cyklu transmisji w ramach Dnia Specjalnego Euroradia. Jako solista Marek Toporowski daje recitale w kraju i za granicą, dokonał kilkunastu nagrań płytowych w Polsce, Niemczech i we Francji.
Nagrał m.in. solową płytę z klawesynową muzyką Jana Sebastiana Bacha dla francuskiej firmy BNL. Bierze udział w niemieckim projekcie dokumentującym organy Dolnych Łużyc, zarejestrował trzy płyty prezentujące instrumenty zachowane w tym regionie.
W maju 2010 roku ukazał się album dla holenderskiej firmy BrilliantClassics z koncertami klawesynowymi Carla Philippa Emanuela Bacha. Za swoje osiągnięcia dyrygenckie otrzymał nagrody Fryderyka: w 2007 roku za płytę z muzyką Amando Ivančiča (w serii: „Muzyka Jasnogórska”), a w 2008 roku za albumy z utworami Józefa Zeidlera oraz za barokowe „Ciemne jutrznie” z Jasnej Góry.
Marek Toporowski zajmuje się również działalnością pedagogiczną. W latach 1990-1991 uczył gry klawesynowej w Musikhochschule des Saarlandes w Saarbrücken. Jest profesorem Akademii Muzycznej w Katowicach, gdzie prowadzi klasę klawesynu i pełni obecnie funkcję prorektora ds. artystycznych i studenckich.
W III edycji (2022) festiwalu usłyszymy go:- jako organistę 28 sierpnia Bazylika Katedralna w Kielcach godz. 19.00,
- jako organistę 3 września Kościół św. Trójcy w Kielcach o godz. 19.00,
- jako klawesynistę 7 września sala koncertowa Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Kielcach godz. 17.00,
- w roli dyrygenta 10 września Bazylika Katedralna w Kielcach o godz.19.00.